Program Magister Prodi Ilmu Agama/Teologi Katolik dengan pendekatan kontekstual yang diselenggarakan oleh IFTK Ledalero yang sebelumnya bernama STFK Ledalero sudah lama dirintis. Pendirian program magister ini terkait erat dengan sejarah keberadaan Seminari Tinggi St. Paulus Ledalero yang didirikan pada tahun 1935 oleh Serikat Sabda Allah (SVD) dan disahkan oleh Tahta Suci di Roma pada tanggal 20 Mei 1937 untuk menyelenggarakan pendidikan dalam bidang filsafat dan teologi katolik para calon imam.

Program Magister Prodi Ilmu Agama/Teologi Katolik didirikan pada tahun ajaran 2002/2003 dan diresmikan oleh Departemen Agama Republik Indonesia cq. Bimas Katolik dengan SK No. DJ.IV/HK/005/100/2002, tanggal 20 November 2002. Melalui SK Dirjen Bimas Katolik Departemen Agama Republik Indonesia No. DJ.IV/HK.005/96/2004 tanggal 13 Agustus 2004, Program Magister Ilmu Agama/Teologi Katolik pada STFK Ledalero mendapat status diakui. Sejak berdirinya program studi ini pernah melewati evaluasi eksternal oleh Dirjen Bimas Katolik dan hasilnya Program studi ini mendapat status diakui. Kemudian, pada tahun 2017, Program Magister Ilmu Agama/Teologi Katolik diakreditasi oleh BAN-PT dengan hasil Terakreditasi B. Hasil akreditasi ini berlaku hingga Agustus 2022, yang kemudian diperpanjang hingga Agustus 2023. Terhitung Agustus 2023 s.d Agustus 2024 program studi Ilmu Agama/Teologi Katolik menggunakan akreditasi sementara dengan kualifikasi baik berdasarkan SK BAN-PT Nomor 839/SK/BAN-PT/Ak.P/M/III/2024 yang dikeluarkan pada 13 Maret 2024. Kemudian pada 15 Desember tahun 2024 program studi Ilmu Agama/Teologi Katolik mendapatkan akreditasi baik sekali berdasarkan Surat Keputusan Direktur Dewan Eksekutif Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 7125/SK/BAN-PT/Ak/M/XII/2024.